Грибное королевство стало для Марио тесным и он отправился исследовать иные миры, которые выглядят не так дружелюбно. Но легендарному водопроводчику не привыкать, ведь и в его родном мире приходится постоянно сражаться с приспешниками Боузера. Но в чужом мире игры Super Mario Stacks будет ещё сложнее и не потому, что там много врагов, наоборот, их там может и не быть. Но передвигаться по миру непросто. Ведь он состоит из отдельно парящих в воздухе квадратных платформ. Прыгая на очередную, герой закрывает себе путь назад, потому что предыдущая плитка исчезает. К тому же двигаться нужно быстро, ведь и следующая тоже может исчезнуть в Super Mario Stacks.
