Космос постійно змінюється, там відбуваються різні процеси і деякі з них можуть торкнутися нашої планети. Астрономи намагаються прогнозувати різноманітні загрози, але навіть вони не все можуть передбачити. Зокрема було передбачено, що Землі загрожує кілька астероїдів. Це змусило всі великі держави скооперуватися і побудувати корабель, який був відправлений на орбіту. Ви станете першим пілотом, який ним керує. Попередньо ви пройшли великий відбір серед сотні претендентів. На вас ляже величезна відповідальність за долю людства. Завдання в Mega Planet Defense - знищувати все наближаються до планети об'єкти.
