Відважний воїн ніндзя отримав завдання від глави свого ордена. Наш персонаж повинен проникнути в певні охоронювані місця і викрасти звідти древні манускрипти. Ви в грі Ninja Jump будете допомагати йому в цих пригодах. Перед вами буде видно ваш персонаж який знаходиться в певній місцевості. За допомогою клавіш управління ви будете змушувати його бігти вперед. Іноді нашому герою потрібно буде підніматися на стіну або ж перестрибувати через різні провали в землі. Всюди будуть розкидані різні предмети, які ви повинні будете збирати.