Світ желейних мешканців великий і різноманітний і серед них є клан воїнів ніндзя. Вони відрізняються від звичайних желеек чорної пов'язкою, при цьому самі можуть бути будь-якого кольору. Цей клан і кидає вам виклик в грі Jelly Ninja. Вам залишається лише вибрати режим гри: на час або проти помилок. Часовий режим передбачає, що ви граєте одну хвилину, але вона може тривати, якщо ви зловите літаючий будильник. У режимі без помилок, ви будете грати, поки шкала справа не стане повністю червоною, а це трапиться, якщо ви пропустите певну кількість желеек, не встигнувши їх розрізати. Є чимало желейних ніндзя, яких не перемогти з одного помаху меча.
