Группа террористов захватила завод по производству химического оружия. Вы в игре Metal Bear Liquid должны будете помочь солдату отряда специального назначения проникнуть на завод и уничтожить террористов. Перед вами на экране будет виден ваш персонаж, который проникнет в одно из помещений завода. С помощью клавиш управления вы будете заставлять героя скрытно двигаться вперед. Внимательно смотрите по сторонам. Как только заметите кого-то из террористов подкрадывайтесь к нему и открывайте огонь на поражение. Метко стреляя из оружия с глушителем вы будете уничтожать противников и получать за это очки. После смерти террористов на земле могут остаться какие-либо предметы. Вы должны будете собирать данные трофеи. Они помогут вашему герою в выполнении его миссии.
