Між двома орденами ніндзя спалахнула війна. Ви в грі Ninja Versus Ninja будете брати участь в даному протистоянні. На початку гри ви повинні будете вибрати собі персонажа. Під нього вам видадуть зброю і амуніцію. Після цього ваш герой виявиться в певній місцевості. У протилежному кінці локації буде знаходитися ваш противник. За сигналом ви повинні будете рухатися в його бік. Як тільки ви зблизилися почнеться поєдинок. Ви зможете наносити удари своїм мечем або ж застосовувати метальна зброя. Ваше завдання якомога швидше вбити супротивника і отримати за це окуляри. Він так само буде вас атакувати. Ви повинні будете ухилитися від його ударів або ж блокувати їх своїм мечем.
