У більшості існуючих ігор ніндзя постає перед нами як відважний самовіддану герой і боєць. Він відважно б'ється з тими, хто перейшов на темну сторону або зі справжніми монстрами і чудовиськами, спритно рубає гострим мечем фрукти і овочі і влучно кидає сталеві зірочки сюррікени. У грі Run Ninja ви зустрінете зовсім іншого персонажа. Власне ви побачите тільки його спину і блискучі п'яти. Наш ніндзя не хоче опановувати мистецтво бою, йому це не під силу і він вирішив втекти з монастиря. Ну що ж, це його вибір і вам залишається тільки допомогти йому подолати непростий шлях, усіяний перешкодами в іже ям і пасток з шипами в Run Ninja.
