У складі загону спеціального призначення ви у грі Secret Oparetion виконуватимете секретні місії по всьому світу. На початку гри ви повинні вибрати собі персонажа. Потім підберіть йому зброю, вибухівку та амуніцію. Як тільки ви це зробите ваш герой опиниться у певній локації. За допомогою клавіш керування ви керуватимете його діями. Вам потрібно буде орієнтуючись радаром просуватися вперед. Як тільки помітите супротивника, атакуйте його. Влучно стріляючи і застосовуючи гранати ви знищуватимете солдатів противника і отримувати за це окуляри. Після смерті ворога не забувайте збирати трофеї, що випали з нього.