Ніндзя - герой багатьох ігор, а в Carrot Ninja він дуже схожий на звичайну моркву. Так і є — це морквяний ніндзя і він має намір дістатися чергової пагоди на кожному рівні. Це і є мета героя. Допоможіть йому вправно стрибати по платформах, збирайте наскільки можна монети. Далі на рівнях з'являться додаткові перешкоди у вигляді роботизованих їжачків та інші неприємності, які потрібно перестрибувати. Праворуч у верхньому кутку ви знайдете кількість життів моркви у вигляді зелених листочків. Як тільки ви їх витратите, рівень доведеться починати наново в Carrot Ninja.