Апокаліпсис може статися від різних причин, у грі Apocalypse Run ви допомагатимете герою, який опинився в центрі апокаліпсису, що з'явився в результаті повстання машин. Штучний інтелект, на появу якого так чекали і так захоплювалися його швидким розвитком, вирішив, що люди тепер йому не потрібні. Мало того, вони навіть шкідливі, тому що все роблять не так, як потрібно, поводяться часто ірраціонально, знищують навколишнє середовище і вбивають собі подібних. У розумі машини сформувалося стійке переконання, що людина - це головне зло на планеті, і його потрібно знищити. Так почалося планомірне знищення людства, а герой Apocalypse Run хоче цього уникнути, і ви допоможете йому боротися з роботами.
