Пузыри, которыми вы будете манипулировать в игре-головоломке Bubbly Merger, не простые. Внутри каждого пузыря имеется какой-то предмет или существо и это важно для выполнения задачи на каждом уровне. Цели вы будете видеть в верхнем правом углу. Чтобы их выполнить, необходимо сталкивать пары пузырей с одинаковым наполнением, чтобы получить новые пузыри, их тоже нужно объединить с помощью слияния, чтобы получить делаемый результат в Bubbly Merger. На каждом уровне, выполняя поставленную задачу, вы одновременно зачищаете поле полностью от пузырей. Если кроме них на поле появляются ящики или другие объекты, по ним нужно ударять, чтобы открыть содержимое в них в Bubbly Merger.
