Ваш герой в Ninja Assassin — ниндзя убийца и он с вашей помощью будет выполнять свою работу. Она заключается в уничтожении тех кто на данный момент стал его врагами. По сути перед ним поставлена задача — очистить склады. На них ожидается масштабное нападение с целью ограбления. По комнатам с ящиками ходят охранники, освещая себе путь фонариками. Если ниндзя окажется в зоне, освещённой фонарём, охранник его увидит и нападёт. Подбираться к цели следует с тёмной стороны и мгновенно нападать. Весь процесс проходит бесшумно, чтобы не насторожились другие охранники в Ninja Assassin.