Пираты всех достали и даже ниндзя потеряли терпение, и решили наказать зарвавшихся морских разбойников. Отряд ниндзя устроил засаду на одном из островов, куда пираты периодически заглядывают, чтобы спрятать свои награбленные сокровища. В игре Angry Ninja вы поможете ниндзя уничтожить пиратов. Злодеи попытаются построить укрепления и спрятаться за ними, но ваши точные выстрелы сметут всё на своём пути. Игра Angry Ninja выполнена в стиле Злых птичек, только вместо них и свиней совсем другие персонажи. Ниндзя сами станут снарядами, а вы будете запускать их по пиратам, которые спрятались за разного рода балками в Angry Ninja.
