Ми звикли думати про те, що ніндзя воліють стару школу навчання бойовим мистецтвам. Але в грі Ninja Copter ви познайомитеся з незвичайним ніндзя, який вважає за краще використовувати науку і інженерію для поліпшення своїх навичок. Замість того, щоб бігати по стінах, він вирішив скористатися пропелером і при необхідності з його допомогою злітати на будь-яку висоту. Але для управління цим механізмом теж знадобляться спеціальні навички. Допоможіть героєві освоїти пілотування, тяга пропелера дуже сильна, необхідно протиставити їй свою спритність. Пройдіть всі наявні перешкоди на шляху вгору, це допоможе навчитися володіти машиною досконало.
