На одной из планет поверхность которой покрыта водой обнаружили военную базу пришельцев, расположенную на дне океана. Ваш персонаж в игре Aquanaut должен будет проникнуть на нее и заложив взрывчатку произвести подрыв. Перед вами на экране будет виден ваш персонаж, который будет находиться в одном из помещений базы с оружием в руках. С помощью клавиш управления вы будете заставлять его двигаться вперед. Внимательно смотрите по сторонам. В любой момент вы можете увидеть своего противника. Быстро среагировав вы должны будете поймать противника в прицел и открыть огонь на поражение. Метко стреляя вы будете уничтожать своих врагов и получать за это очки. После смерти из противника могут выпасть трофеи, которые вы должны будете подбирать.
