Как только в организм проникает вредоносная бактерия или вирус, специальные клетки начинают вести с ней непримиримую борьбу. Если микробов больше и клетки не справляются, им необходимо помочь извне. В игре Bacterial Swarm вы будете помогать искусственной созданной клетке, которую внедрили в живой организм, чтобы она помогла ему с правиться с инфекцией. Управляйте клеткой, она будет автоматически обстреливать все вражеские образования, которые попытаются её уничтожить. Периодически вам придётся делать выбор улучшений в Bacterial Swarm.
