З розвитком цивілізації людство стало подорожувати по галактиці і досліджувати різні планети в пошуках життя. Виявивши придатну для життя планету вони засновували там колонії. Але що б це сталося потрібно було очистити місце для спорудження будівель. Ви в грі Subteralien цим і займетеся. З вашого корабля на планету спуститься човник і приземлиться в обраному вами місці. Навколо будуть знаходитися різні предмети. Вам потрібно клацаючи мишкою наводити на них приціл і відкривати вогонь ракетами. Вони будуть вибухати і знищувати всі предмети. Зверху буде видна шкала шкоди. Як тільки вона заповниться ви перейдете на наступний рівень.