Ведмідь Банджо разом зі своєю сестрою живе в глибині лісу. Як то одного разу наш персонаж прокинувшись виявив що його молодша сестра пропала. Тепер в грі Banjo-Kazooie ми з вами будемо допомагати йому відшукати її. За допомогою наш персонаж звернувся до чарівного птаха Казуї. Провівши магічний ритуал вона вловила слід і полетіла вздовж нього. Тепер ви керуючи героєм повинні будете бігти за нею не відстаючи. Будьте уважні на дорозі у вас будуть виникати пастки і ви керуючи героєм повинні будете змушувати перестрибувати їх. Іноді вам можуть траплятися різні агресивні монстри і ви повинні будете знищувати їх.