Як то вранці жителі міста Метрополіс побачили як з небес спустилася безліч космічних кораблів з яких з'явилися прибульці. Вони відразу ж відкрили вогонь по мирних жителях і почали на них полювання. Відважний герой, який завжди захищав місто знову повинен вступити в бій. Ми з вами в грі Superman: Theme is Aliens допоможемо Супермену відстояти своє місто і знищити супротивників. Наш герой повинен буде орієнтуватися по радару, який буде вказувати йому де знаходяться солдати прибульців. Після цього підбігши до них ви повинні будете атакувати ворога. Ви зможете вбивати їх за допомогою ударів руками або ж використовувати супер здібності свого героя.