За родом діяльності члени агентства містичних розслідувань, в якому не останнє місце займає Скубі-Ду, виявляються в різних місцях. Найчастіше вони небезпечні і навіть доводиться ризикувати життям. У грі Scooby-Doo! `S Over-board ви підете разом з героями на піратський корабель. Пірати самі по собі хлопці конфліктні, а тут у них якраз розгорілася суперечка і на кораблі почалася метушня. Команда розділилася на дві частини, які знаходяться в протилежних кінцях палуби. Вони перестрілювалися гарматами, кидаються шаблями і іншими небезпечними предметами. У такій ситуації ви повинні допомогти Скубі перебратися через палубу.
