У новій грі Ninja Run ви повинні будете допомогти відважному ніндзя виконати завдання глави свого ордена. Ваш герой повинен буде проникнути на територію, що охороняється і зібрати там чарівні зірки, які з'являються там в певний час. Ваш герой буде бігти по дорозі поступово набираючи швидкість. Як тільки ви помітите зірочки, намагайтеся їх зібрати. На вашому шляху будуть попадатися різного роду перешкоди і пастки. Ви керуючи своїм героєм повинні будете перестрибнути через них. Якщо ж ви не встигнете зреагувати, то ваш герой загине і ви провалите проходження рівня.
