Відважний ніндзя Кіото за завданням глави свого ордену має вирушити до Темних земель і відшукати там древні артефакти. Ви у грі Ninja vs Zombies приєднаєтеся до нього в даній пригоді. Вашому герою потрібно буде пройтися через безліч локацій та подолати різноманітні небезпеки. По локаціях блукають полчища зомбі, з якими ваш герой повинен буде битися. Вступаючи з ними в бій герой використовуватиме різного роду зброю. Знищуючи живих мерців ви зароблятимете очки, а також зможете збирати трофеї, які випадуть з них. На отримані окуляри ви зможете придбати в ігровому магазині для свого персонажа різну зброю та амуніцію.