У бік невеликого поселення в Японії рухається загін розбійників. Вони хоч убити місцевих жителів та пограбувати село. На захист місцевих жителів став відважний воїн ніндзя. Ви в грі Phase Ninja допомагатимете герою боротися проти лиходіїв. Перед вами на екрані буде видно місцевість в якій буде ваш персонаж. У його бік рухатиметься загін супротивника. За допомогою різної метальної зброї та лука зі стрілами ви зможете знищувати супротивників на дистанції. Коли ворог наблизиться впритул, ви оголивши меч вступите до ближнього бою. Завдаючи ударів мечем по супротивнику, ви знищуватимете їх і отримуватимете за це окуляри. Після смерті ворогів ви зможете підбирати трофеї, які випадатимуть із них.