У другій частині гри Ninja Hands 2 ви продовжите допомагати своєму війну ніндзя боротися проти різних супротивників, які хочуть його вбити. Перед вами на екрані буде видно ваш боєць, який перебуватиме у певній локації. На відстані від нього стоятиме супротивник. Праворуч у нижньому кутку знаходитиметься спеціальна панель з іконками. Натискаючи на них, ви зможете змушувати героя робити певні дії. Ви повинні будете атакувати свого супротивника і використавши свої бойові навички знищити ворога. За це вам у грі Ninja Hands 2 дадуть очки.