Ніндзя щойно повернувся з походу і вирішив відвідати рідний монастир, де проходив навчання і свого улюбленого вчителя, який дав йому величезний обсяг знань і навчив керувати своїм тілом та духом. Він застав ченців у зневірі та великому розладі. Напередодні на монастир напали червоні самураї та викрали колекцію стародавнього каміння з рунами. Це священне каміння, яке століттями зберігалося в монастирі. Наш герой клятвенно обіцяв повернути все вкрадене і відразу вирушив у дорогу. Допоможіть герою в Ninja Run виконати його священну місію. Ніндзя бігтимете, а ви допоможете йому вчасно стрибати ферез перешкоди і через ворогів, збираючи каміння.
