У другій частині гри Pandemic 2 ви продовжите свою місію зі знищення всього людства як смертельну пандемію. Гра починається з того, що ви вибираєте тип хвороби: вірус, бактерія чи паразит. Потім ви оберете відправну точку для вашого зараження. Звідти вам доведеться поширити свою хворобу на решту світу. Поширюючись по світу, ви зможете покращувати свою хворобу і робити так, щоб люди її не переносили. Постійно модифікуйте свій вірус, щоб людство не змогло придумати від нього ліки. Так поступово ви у грі Pandemic 2 знищите все населення планети
