Ніндзя щодня приділяє по кілька годин на тренування і це необхідно, щоб не втратити форму і в критичний момент не вдарити в бруд обличчям. Герой гри Jungle Runner - вмілий і досвідчений воїн, але тренування його вже не задовольняють, вони даються йому надто легко, а значить він не розвивається. Тому герой вирішив вирушити в джунглі та влаштувати вертикальну пробіжку по деревах. Герой мчатиметься вгору з приголомшливою швидкістю, а ваше завдання — контролювати, щоб він ні чим і ні з ким не зіткнувся. Виявляється наш ніндзя не самотній у джунглях, крім того йому спробують завадити бджоли мутанти у Jungle Runner.