Ніндзя з'явилися з середньовічної Японії та виконували роль шпигунів, шпигунів, розвідників-диверсантів. Вони носили темний одяг, закривали обличчя і здебільшого діяли вночі, безшумно пересуваючись і виконуючи поставлені завдання. Усі ніндзя володіли мистецтвом ніндзюцу. По суті, ніндзя — це різновиди воїнів, яким займалися спеціальними операціями, на зразок японського спецназу. Герою гри Ninja Speed Runner також доручено секретну місію, тому він швидко пересувається. Назустріч йому летять сюрикени, від яких він повинен ухилятися і ви йому в цьому допоможете, змушуючи героя стрибати або пригинатися в Ninja Speed Runner.
