Розслідуючи чергову справу, герой гри Mystery Subway Escape 2 – детектив Майкл знайшов таємний вхід на покинуті станції метро. Про них мало хто знає. Йдеться не про технічні тунелі, саме про станції, які колись були діючими, але з тих чи інших причин виявилися закритими та незатребуваними. Там залишилося якесь обладнання, речі та предмети, які не викинули тому, що можуть ще стати в нагоді. Саме там і наш герой шукатиме докази, а потім вихід, оскільки двері, куди він увійшов, хтось замкнув у Mystery Subway Escape 2. Мабуть, за ним стежили і вирішили позбутися скрупульозного детектива.
