Дія гри Merge Train Last Rail розгортається на борту таємничого поїзда, який зупинився десь у альтернативному світі. Щоб відновити рух, потрібен спеціальний ключ, але крім цього доведеться полагодити деякі вузли та механізми і для цього знадобляться інструменти та різні деталі. Все це ви можете роздобути на спеціальному ігровому полі, використовуючи опцію злиття. Об'єднуйте по два однакові предмети, щоб отримати новий, виконуйте замовлення пасажирів та розблокуйте всі предмети на полі у Merge Train Last Rail.