Піксельні картинки, які будуть представлені гравцям на кожному рівні гри Pixel Paint Sort зіпсовані. У них переплутані пікселі, а ваше завдання провести сортування і повернути пікселі на свої місця. Почати процес необхідно з видалення частини пікселів, їх можна розмістити на допоміжній панелі під картинкою. Далі ви зможете прямо на зображенні перенести частину пікселів на звільнену ділянку. Таким чином ви переміщатимете пікселі, поки не повернете їх на свої місця. Коли це станеться, картинка відновиться в Pixel Paint Sort.