На Нью-Йорк обрушилася справжня загроза у вигляді могутнього Шредера. Він спробує взяти місто за лічені хвилину, але ви повинні йому перешкодити разом з мутантами черепашками ніндзя. Ці браві хлопці готові на будь-які складнощі, щоб врятувати рідне місто від безумства. У кожного з героїв буде своя місія і мета, хтось повинен приготувати зілля, щоб знищити мутанта, хтось збити ракетні установки, а хтось перемогти ворога в рукопашному бою. На всіх черепашок буде лише три спроби, якщо ви програєте, то місто впаде.