Ніхто не заперечує досягнення команд Черепашок-ніндзя та Могутніх рейнджерів, однак між собою вони так і не змогли домовитись і кожна група претендує на першість. Щоб з'ясувати, хто найкращий, герої вирішили влаштувати між собою поєдинки і вони почнуться, як тільки ви увійде в гру Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Вам обирати бійців, котрі першими вийдуть на арену. Після серії проведених боїв має залишитися лише один переможець. Вас ніхто не зобов'язує вболівати за когось, ви оберете собі героя і будете його просувати, допомагаючи перемагати всіх суперників у Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.
