У стародавній Японії постійно йшла війна між двома племенами воїнів - самураями і ніндзя. Ви в грі Ninja Runner будете боротися на стороні ордена ниндзей. Ваш персонаж отримав завдання від глави ордена наказ провести розвідку в одне лісі, де можуть ховатися загони самураїв. Ваш герой відважно заглибився в ліс і побіг по стежці. На шляху його чекатимуть безліч небезпек і пасток. Ви керуючи вашим персонажем повинні будете змушувати його стрибати і не потрапляти в ці пастки. Якщо вам попадуться солдати противника ви за допомогою меча повинні будете всіх їх знищити. Так само збирайте різні предмети, які попадуться йому на його шляху.
