Стародавній Японії існували спеціальні храми в яких готували таких вийняв як ніндзя. Ви в грі Ninja Runs 3d підете в один з них і допоможете одному ніндзя пройти різного роду тренування. Сьогодні ваш герой повинен буде пробігти по спеціально побудованої смузі перешкод разом з іншими ніндзями і прийти до фінішу першим. Ви будете керувати його діями. Вам належить перестрибнути через безліч перешкод, піднятися на різного роду перешкоди і зробити ще безліч дій, які допоможуть вашій ніндзя перемогти в змаганні.
