У другій частині гри Virus Ninja 2 ви будете допомагати відважному воїну ніндзя боротися з різними вірусами. Перед вами на екрані виникне ігрове поле на якому будуть з'являтися різні бактерії. Вони будуть рухатися в різних напрямках і різною швидкістю. Для їх знищення ви повинні будете використовувати меч. Уважно дивіться на екран і водите по предметам мишкою. Таким чином ви будете наносити по бактеріям удари і рубати їх на частини. Іноді серед даних об'єктів можуть виникати бомби. Ви не повинні гойдатися їх.
