Звичайні скляні бутлі, заповнені рідиною на різних рівнях в грі 99 bottles перетворяться в елементи для головоломки. У верхній частині екрану ви побачите завдання. А внизу розташовані три пляшки з водою. Вам необхідно швидко виконати поставлене завдання, а вона може полягати в наступному: натиснути на пляшки в порядку збільшення рівня рідини або зменшення, а також за ступенем затемнення пробок, якими закриті пляшки. Натискайте на пляшки і розбивайте їх і таким чином, якщо ви пройдете всі рівні, зможете розбити дев'яносто дев'ять пляшок.