Відважний ніндзя Кіото отримав завдання від глави свого ордена проникнути в охороняється маєток одного аристократа і викрасти звідти секретні документи. Ви в грі Endless Ninja будете допомагати йому виконувати дану місію. Ваш персонаж буде рухатися по дорозі поступово набираючи швидкість. На шляху його проходження будуть потрапляти різного роду пастки. Ваш герой наближаючись до них повинен буде здійснювати стрибки під вашим керівництвом. Таким чином він буде перелітати по повітрю через дані небезпечні ділянки дороги. Іноді вам будуть потрапляти різного роду предмети і монетки розкидані всюди. Ви повинні будете намагатися збирати їх все.
