У невеликому закритому містечку на Півдні Америки жили вчені, які проводили досліди з біологічною зброєю. Одного разу найнебезпечніший вірус вирвався на свободу і знищив все населення міста. Після смерті загиблий люди повстали в якості живих мерців. Ви в грі Commander Secret Missions будете проходити службу в загоні спеціального призначення, який отримав наказ зачистити місто від зомбі. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж, який зі зброєю в руках буде йти по міських вулицях. Уважно дивіться на всі боки. З усіх боків на вас будуть нападати зомбі. Ви повинні будете дотримуючись дистанції ловити їх в приціл своєї зброї і відкривати вогонь на ураження. Кулі потрапляючи в зомбі будуть приносити їм шкоди. За кожного вбитого зомбі ви будете отримувати окуляри.