У далекому дивовижному світі живуть такі істоти як покемонти. Вони розділені на групи, які поклоняються духам природи. Одного разу шанувальники духів Вогню і Води провели ритуал і закликали в цей світ даних божественних сутностей. Але ті виявилися дуже злими духами і вийшли з-під контролю. Тепер на всій планеті панує хаос і постійно відбуваються стихійні лиха. Ви в грі Pokemon Emerald Version повинні будете битися з ними. Перед вами на екрані буде видно певна місцевість в якій будуть знаходитися ваші персонажі. Вони будуть атакувати наприклад духу Вогню. Ви будете керувати їх діями за допомогою спеціальної панелі управління. З її допомогою ви будете змушувати своїх покемонів застосовувати різні магічні заклинання за допомогою яких вони будуть завдавати шкоди своєму противнику.