Молодий хлопець Кіото вступив в таємний орден воїнів ніндзя. Його відправили в гори в спеціальний храм, де знаходиться Академія в якій проходять навчання всі початківці війни. Сьогодні у нашого героя тренування і ви в грі Ninja Academy допоможете йому провести його. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж, який стоїть у дворі храму. Під ним буде розташована спеціальна панель з кнопками управління. При її допомоги ви будете керувати діями свого героя. Перед ним з різних сторін будуть з'являтися предмети. Ви керуючи героєм повинні будете наносити по ним точні удари за допомогою рук або ніг. Кожне точне ваше потрапляння буде приносити вам певну кількість очок. Відпрацювавши удари ви перейдете до опрацювання різних прийомів.
