У другій частині гри Funny Throat Surgery 2 ви продовжите працювати в лікарні стоматологом. До вас на прийом будуть приходити пацієнти із захворюваннями зубів. Ви насамперед повинні будете уважно оглянути ротову порожнину і поставити діагноз пацієнту. Після цього з'явиться панель управління на якій буде видно різні медичні інструменти та ліки. Ви послідовно застосовуючи дані предмети проведете комплекс дій спрямованих на лікування пацієнта. Коли ви закінчите він буде повністю здоровий, і ви приступите до лікування інших пацієнтів.