Секретний агент під кодовою назвою №46 сьогодні має виконати низку місій у всьому світі. Ви у грі Super Spy Agent 46 допоможете йому в цьому. Вибравши місію, ви опинитеся у певній місцевості. За допомогою клавіш керування ви змушуєте свого героя просуватися вперед. Уважно дивіться на всі боки. Як тільки помітите супротивника, наводьте на нього свою зброю та ловіть у приціл. По готовності відкривайте вогонь на поразку. Влучно стріляючи ви вбиватимете ворогів. За це вам даватимуть окуляри. Після смерті супротивника з нього можуть випасти трофеї. Вам потрібно буде збирати ці предмети. Вони допоможуть вашому герою вижити та перемогти у подальших битвах.