Молодий хлопець Томас із дитинства захоплюється таким видом спорту як гімнастика. Досить часто наш персонаж влаштовує прямо у себе вдома невеликі тренування, щоб тримати себе у формі і підтримувати гнучкість свого тіла. Сьогодні у грі Flex Run ви приєднаєтеся до нього в одному з таких тренувань. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж, який перебуватиме в одній із кімнат свого будинку. Ваш персонаж повинен буде пробігти певним маршрутом. На його шляху виникатимуть предмети домашнього побуту та різні меблі. Ви вправно керуючи своїм персонажем повинні будете допомагати йому ухиляються від зіткнення з цими предметами. Кожне ваше вдале ухилення у грі Flex Run оцінюватиметься певною кількістю балів.