У третій частині гри Sonic Advance 3 ви продовжуватимете допомагати відважному Соніку та його друзям боротися проти шаленого доктора Зло. Безумець хоче побудувати ціле місто, в якому вирощуватиме монстрів. Для цього йому знадобиться каміння Хаосу. Сонік повинен знайти їх першим. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж та його супутник. За допомогою клавіш управління ви керуватимете діями відразу обох героїв. Вам потрібно буде змушувати їх рухати по локації та уважно все оглядати. Шукайте розкидані всюди каміння та предмети та збирайте їх. На вашому шляху будуть траплятися перешкоди та пастки, які ваші герої мають перестрибувати. Якщо їм зустрінуться монстри, то персонажі зможуть обійти їх стороною або вступивши в бій знищити. За вбивство супротивників вам у грі Sonic Advance 3 даватимуть очки.