У грі Atom War ви поїдете у світ де мешкають найдрібніші частинки, які ми називаємо атомами. У цьому світі почалася війна і ви візьмете участь у ній. Перед вами на екрані буде видно атом червоного кольору. Він матиме певні розміри і навколо нього буде видно невелике силове поле. Навколо вашого атома почнуть з'являтися інші частинки, що мають синій колір. Ви повинні будете уважно їх оглянути і знайти ті, які менші за вашого персонажа за розмірами. Це означає, що дані частинки слабші за ваш атом. Їх ви повинні будете переслідувати і потім атакувати. Знищивши синій атом ви отримаєте окуляри, і ваш персонаж стане більшим у розмірах і сильнішим.
