У глибині джунглів живе горила на ім'я Донкей, яка завжди допомагає своїм друзям. Якось наш персонаж вирішив відправитися відвідати своїх далеких родичів, які мешкають на іншому кінці джунглів. Ви в грі Super Donkey Kong 99 повинні допомогти герою в даній пригоді. Перед вами на екрані буде видно ваш персонаж, який під вашим керівництвом рухатиметься вперед стежкою поступово набираючи швидкість. Дорогою ваш персонаж повинен буде збирати банани та золоті монетки розкидані всюди. Так само він повинен буде подолати різні пастки та перепони, які траплятимуться на його шляху.