Для складних і відповідальних завдань, коли не можна створювати зайвого шуму, призначаються агенти, які мають особливі вміння та навички. Таким у грі Stealth Master 3D є наш герой. Він намагається не використовувати стрілецьку зброю, а обходиться шаблями, ножами, мечами, щоб діяти безшумно, не привертаючи уваги. Перед кожним рівнем ви отримаєте завдання і маєте його виконати, щоб отримати нове. Агент такого рівня не повинен помилятися. Підкрадайтеся в приміщення, підходьте до ворога, що нічого не знає, і завдавайте удару. Якщо він повернеться і ваш герой опиниться в зоні червоного променя, місія буде провалена Stealth Master 3D.