У Матриці було створено кілька прототипів і один із них під номером 09435 виявився найвдалішим. Це цифровий хлопчик, який почав надзвичайно швидко розвиватися і незабаром йому захотілося дослідити зовнішній світ. Він знайшов спосіб залишити матрицю і вирушив у дорогу в Prototype Guy. Автори вирішили не заважати хлопцеві, вони просять вас допомогти йому адаптуватися, долаючи перепони. Необхідно перестрибувати через гострі шипи та квадратні роботи. До речі, роботів можна знищити, якщо стрибнути безпосередньо на них зверху. Якщо перешкода буде подолано, герой почне шлях спочатку в Prototype Guy.
