Міграція птахів – це щорічний переліт птахів у теплі краї. Як тільки настає осінь, багато видів птахів вирушають на південь, щоб пережити холодну зиму. Качки - одні з них і в грі ви допомагатимете однієї качечки подолати нелегкий переліт. Але перш вам потрібно вибрати персонажа з представлених у грі героїв: Пем, Мак, дядько Ден, Гвен та Дакс. Будь-який з них кориться вашому управлінню. Сюжетзв Migration Flappy Duck полягає в тому, що ваш птах відстав від зграї. Коли відлітали всі родичі, у неї було пошкоджено крило, але зараз воно загоїлося і можна спробувати наздогнати зграю, щоб летіти разом. Але спочатку доведеться подолати масу перепон і посилено махати крилами без перепочинку в Migration Flappy Duck.